A mikroorganizmusok, ezek a mindössze néhány mikrométer nagyságú szervezetek alapvető szerepet játszanak a legkülönbözőbb vizes élőhelyek benépesítésében, ahol rendszerint meglepően nagy számban vannak jelen. Az alföldi „székek” és „szikek” víztestében és üledékében csíraszám értékeik akár a 106 és 108 közötti értéket is elérhetik milliliterenként. A mikroorganizmusok rendkívül széles körű elterjedése nemcsak kis méretüknek, hanem anyagcseréjük nagyfokú változatosságának is köszönhető.
A baktériumközösségek nélkülözhetetlenek mind a létfontosságú tápelemek, például a szén, a nitrogén és a foszfor biogeokémiai körforgalmában, mind az elhalt szerves anyagok lebontásában és a környezetet érő szennyeződések átalakítási folyamataiban. Mivel az alföldi szikesek minden évben vízimadarak ezreinek nyújtanak ideális fészkelő- és pihenőhelyet, a vízbe és az üledékbe nagy mennyiségű szerves anyag kerül, ami prokarióta szervezetek sokasága számára biztosít könnyen hasznosítható szénforrást. A szerves foszforvegyületek ásványosításával a mikroorganizmusok az elsődleges termelők számára is hasznosítható szervetlen foszfátot szabadítanak fel. Számos baktérium a foszfátionokból polifoszfátot képez, amelyet sejtjeiben szemcsék formájában halmoz fel.
A szikesekből kitenyésztett baktériumtörzsek többsége a Bacillus, valamint a vele közeli rokon Marinibacillus és Halobacillus nemzetségbe tartozik. Ezek a szervezetek talajokban és más tavak üledékében is gyakran megtalálhatók, ahol – a különféle polimerek lebontására képes enzimeiknek köszönhetően – főként aerob körülmények között vesznek részt a szerves anyagok ásványosítási folyamataiban. Az oxigén hiányában végbemenő lebontófolyamatokhoz elsősorban a fermentáló anyagcserét folytató Clostridium, valamint a szulfátredukáló Desulfovibrio és Desulfotomaculum nemzetség különböző fajai járulnak hozzá. A prokarióta szervezetek anyagcseréjének sokféleségét jelzi, hogy az alföldi szikesekből molekuláris biológiai módszerekkel aerob kénoxidáló Halothiobacillus-, nitrifikáló Nitrospira- és metánoxidáló Methylocaldum-, továbbá anaerob nem-kénfototróf bíbor Rhodovibrio- és zöld Anaerolinea- , valamint denitrifikáló Halomonas-, illetve anaerob vas- és kénredukáló anyagcserét folytató Pelobacter-baktériumfajok jelenléte is kimutatható.
Az alföldi szikesekben élő mikroorganizmusok közös jellemzője a rendkívül változó és különleges környezeti feltételekhez való alkalmazkodás képessége is. Ezek a szervezetek nemcsak elviselik erősen lúgos és/vagy nagy sótartalmú környezetüket, hanem kifejezetten igénylik ezt. A szikesekben élő, döntően alkalofil és/vagy mérsékelten halofil baktériumok esetében a növekedés és szaporodás optimuma 9–10 pH-érték és/vagy 5–7%-os NaCl-koncentráció mellett figyelhető meg. A tenyésztésbe vont szervezetek többségéről az is ismert, hogy a számukra kedvezőtlen feltételek (pl. a szikes vizek kiszáradása) esetén túlélést biztosító kitartó képletet, ún. endospórát hoznak létre.
A sajátos vízháztartással és kemizmussal jellemezhető alföldi szikesek ugyanakkor több máshonnan eddig nem ismert, a tudományra nézve új baktériumfaj – ilyen például a Bacillus aurantiacus – élőhelyéül is szolgálnak.