Mivel a pannon szikesek a Kárpát-medence ökorégió unikalitása, az Európai Unió élőhelyvédelmi irányelvének (92/43/EEC) I. függelékében a 1530 kódszámú „Pannon szikes sztyeppek és mocsarak” megnevezésű kiemelt jelentőségű élőhelyként szerepelnek. A madárvédelmi direktíva (79/409/EEC) I. függeléke alapján kerültek kijelölésre a különleges madárvédelmi területek, amelyeken szintén találhatunk szikes vizeket. A direktívák végrehajtása során kijelölt Natura 2000 hálózat hazai szikes vizeink mintegy 88%-át fedi le az időszakos szikes vizeknek. A nagyobb kiterjedésű nem időszakos szikes vizek közül a Fertő teljes terjedelmében része a Natura 2000 hálózatnak.