A szikes vizek védelmi helyzete az EU-ban jogilag jól megalapozott (lásd Natura 2000 hálózat), valamint ezek az élőhelyek Magyarországon külön törvényi védettséget is élveznek. A hidrogeológiai, hidrológiai, botanikai, zoológiai és ökológiai tekintetben is egyedülálló, de veszélyeztetett kontinentális vizek megóvása érdekében a természet védelméről szóló 1996. évi LIII. törvény – a 23. § (2)-ben – 1997. január 1-jétől számított hatállyal, e törvény erejénél fogva országos jelentőségű védett területnek minősít minden természetközeli állapotban fennmaradt magyarországi szikes tavat.
2002-ig 317, a definíciónak megfelelő szikes tómeder felmérése és tájékoztatójegyzékben történő kihirdetése történt meg. A jegyzékben csak a törvény erejénél fogva védetté vált területek szerepelnek, amelyek mintegy kétharmadát jelentik a hazai szikes medreknek (vagyis az „ex lege”-védelmet megelőzően a szikes tavaknak – nemzeti parkjaink, tájvédelmi körzeteink és a természetvédelmi területeink részeként – csak a szűk egyharmada állt természetvédelmi oltalom alatt). A korábban védett és újonnan jegyzékbe vett nyílt vízfelszínű szikes élőhelyek elterjedéséről és természetvédelmi helyzetéről, valamint a kapcsolódó határ menti – ausztriai, szerbiai – területekről készült egy Kárpát-medencei léptékű térinformatikai elemzés is. A távérzékelési módszerekkel kiegészített területi felmérések alapján megállapítást nyert, hogy a Kárpát-medence nyílt szikes víztereinek 75%-át a Fertő, a Velencei-tó és a Szelidi-tó (mintegy 15 000 hektár) számottevőbb állandó víztömegei jelentik. A fennmaradó 25% (mintegy négyezer hektár) túlnyomó részét az időszakosan kiszáradó vizes élőhelyek közé sorolt szikes vízfelületek adják, ezek kétharmada részesült „ex lege”-védelemben.
A távérzékeléses becslések szerint az időszakos szikes vízterek mintegy 60%-a szikes mocsári vegetációval borított, és mindössze csak 15% körüli a nyílt vízfelszínek aránya, valamint 26%-nyi a réti, mocsárréti vegetáció a medrekben. A területi és élőhelyi adatok alapján megállapítható, hogy a szikes élőhelyek közül – amelyek 34%-a határainkon kívül, az ausztriai Fertőzug (Burgenland) és a szerbiai Vajdaság (Vojvodina) területén található – az időszakos, sekély, nyílt szikes állóvizek kifejezetten veszélyeztettek a Kárpát-medencében. Bár Magyarország szinte valamennyi szikes víztere és gyepterülete a nemzeti ökológiai hálózatnak is része, a földrajzilag elszórtan található kisebb-nagyobb területek megőrzése nagy feladat elé állítja a természetvédőket. Kárpát-medencei területi megoszlásukból következik, hogy megismerésük, védelmük és bemutatásuk az érintett szomszédos országokkal való szoros együttműködést is igényli.