Az EU víz-keretirányelve (VKI) előírja a vízi ökoszisztémáknak a további károsodásoktól való megóvását, illetve természetes vizeink jó ökológiai állapotának elérését. Mivel az ökológiai állapot nem egy mérhető paraméter, ezt a referenciafeltételektől való eltérés elve szerint kell meghatározni. A referenciafeltételeket pedig minden típusra, minden ökorégióban külön meg kell határozni.
A szikes tavak esetében azzal a problémával is szembe kell néznünk, hogy ezekben a VKI által vizsgálatra javasolt élőlénycsoportok közül szinte semelyik sem található meg. Bár a bevonatlakó kovaalgák szikes tavakból is gyűjthetők, ebben az esetben azzal a problémával találjuk szemben magunkat, hogy a minősítéshez használt kovaalgaindexek úgy kezelik a magas só- és összesfoszfor-tartalmat, mint az emberi szennyezés (pl. ipari vagy háztartási szennyvíz) következményeit, és úgy értékelik ezen speciális só- és foszfortartalmat, mint elfogadhatatlanul rossz ökológiai állapotot. Holott – paradox módon – az okozna ökológiai „katasztrófát”, ha ezekbe a tavakba édesvizet vezetnénk, és ezáltal csökkentenénk a szalinitást – ami az indexekben mégis vízminőség-javulásként jelenne meg.
Vagyis ezen vizek minősítéséhez elengedhetetlenül szükséges egy olyan átfogó projekt, amelynek keretében meghatározhatjuk a pannon ökorégió szikes tavainak referenciális állapotát, valamint kidolgozhatunk egy olyan élőlényalapú indikációs rendszert, amely alkalmas valós ökológiai állapotuk becslésére. Ez annál is inkább sürgető feladat, mert a szikes vizek természetvédelmi szempontból különösen nagy jelentőségűek. Szikes tavaink többségét meggondolatlan emberi beavatkozások (lecsapolások, melioráció, tóátalakítás, vízpótlás stb.) fenyegetik, teljes körű védelmüket érzékenységük és veszélyeztetettségük egyaránt indokolja.
Megőrzésük és kezelésük azonban ökológiai állapotuk helytelen megítélése miatt lehetetlenné válhat. Ezt látszik alátámasztani az a tény is, hogy a Magyarországon 2007 óta folyó feltáró monitorozás során nem gyűlt össze annyi adat, hogy a magyarországi tótipológia szerint a 4–9. típusba sorolt szikes tavak többségére – a bentonikus kovaalga vizsgálata alapján – megbízható minősítési rendszert lehessen kifejleszteni. Három típusra – amelyből kettő éppen az időszakos, kis kiterjedésű szikes tavakat fedi le – a rendelkezésre álló adatok alapján egyáltalán nem lehetett minősítési rendszert kidolgozni, de a másik három típusra is csak alacsony vagy közepes megbízhatósági szintűt sikerült.